Como vimos, a união ibérica foi catastrófica para Portugal que saiu praticamente sem as suas maiores possessões na África e na Ásia. Portugal mantinha boas relações com Holanda e Inglaterra, já a Espanha estava em guerra contra essas duas maiores potencias da época. Com a união ibérica e as dificuldades crescentes impostas pela Espanha, esses países ocuparão a maioria das possessões portuguesas e esfacelarão todo seu império colonial. Quase todo comércio asiático que Portugal havia aberto a duras penas, de forma pioneira, foi praticamente perdido.
A partir da restauração portuguesa – 1640 - haverá uma sensível modificação na relação de Portugal com a única colônia de peso que ainda lhe restava que era o Brasil. A situação era tão dramática que pode-se dizer que “a prosperidade e a própria existência de Portugal passou a depender exclusivamente dela” . Pode-se afirmar também que em função dessa dependência e, claro, em função da descoberta do ouro, os anos de 1640 e 1750, correspondem a um período de expansão da colônia.
Em 1640, por exemplo foi criado o Conselho Ultramarino cuja único objetivo era centralizar e reforçar o poder da metrópole e do rei de Portugal sobre a colônia. Em consequência dessa política centralizadora todas as capitanias voltaram para o domínio direto de Portugal. Se no período anterior à união ibérica havia um grande desleixo de Portugal em relação ao Brasil, a ponto de a França fundar no Rio de Janeiro uma colônia em 1555, a partir da restauração de 1640 Portugal vai criar um forte sistema de restrições de acesso de estrangeiros ao Brasil e uma série de medidas para aperfeiçoar a exploração comercial da sua colônia. Uma dessas medidas é a criação de Companhias de Comércio – criadas já em 1649 - únicas que poderiam comercializar com a colônia.
Esse monopólio do comércio com a colônia vai irritar profundamente – no Brasil - comerciantes que estavam acostumados a comercializar sobretudo com franceses, ingleses e holandeses. A principal consequência dessa “política econômica da metrópole que ao liberalismo do passado substituía um regime de monopólios e restrições destinados a dar mais amplitude possível à exploração e aproveitamento da colônia” , vai ser uma série de descontentamentos e ao menos uma revolta, a dos irmãos Beckman – comerciantes portugueses - no Maranhão em 1684.
