O Governo Geral vai ser instituído em 1549, por Tomé de Souza que neste ano fundou a cidade de Salvador na Bahia. Nasceu primeiro da ruína do sistema de capitanias e segundo do fim das esperanças alimentadas durante as primeiras décadas, de se ter a sorte - como teve a Espanha - de extrair riquezas minerais. Dissipadas as ilusões, o expediente adotado por Portugal foi simples e fulminante: diante do risco iminente de invasão francesa e holandesa, o único jeito de assegurar a posse das terras era por meio da expansão do modelo já experimentado, implantado nas ilhas.
As consequências imediatas da instauração do Governo Geral no Brasil é a institucionalização da produção de açúcar nos engenhos. Não só pelo malogro do sistema de capitanias, mas por outros vários motivos Portugal resolve assumir os negócios na colônia. Os ataques estrangeiros era apenas o primeiro deles. Segue-se a este o início do declínio dos negócios no oriente, que começaram a sofrer com a crescente concorrência da Inglaterra e da Holanda.
Esses dois países passaram a se imiscuir cada vez de forma mais ostensiva em dois negócios que até então era monopólio absoluto de Portugal. Primeiro o negócio da produção e comercialização do açúcar que vinha ganhando um mercado crescente na Europa e, por fim, o mais lucrativo de todos os negócios, que era o tráfico e a venda de escravos. Pode-se dizer que o negócio com escravos vai ser o grande negócio de Portugal no Brasil no período que vai de 1500 até 1854 com a abolição do tráfico.
Com essa medida – a criação do Governo Geral - completa-se à obra de incorporação e absorção de assuntos públicos da colônia à autoridade real, por meio de seus agentes diretos. A colonização do Brasil começa de fato a partir desse momento, tendo como característica principal a de um vasto empreendimento comercial.
